制藥廢水，就是制藥廠在生產中成藥或西藥時所產生的廢水。制藥廢水主要包括抗生素生產（生物制藥）廢水、合成藥物生產（化學制藥）廢水、中成藥生產廢水以及各類制劑生產過程的洗滌水和沖洗廢水四大類。

藥物的生產過程，決定了制藥廢水的特點。藥物的生產是通過化學合成工藝和藥用植物中分離提純得到原料藥，其因藥物種類不同，生產工藝不同且流程復雜，原輔材料種類多，生產過程對原料和中間體質量控制嚴格，物料凈收率較低，副產品多，導致制藥廢水具有成分差異大，組分復雜，污染物量多，COD 高，BOD5和CODcr 比值低且波動大，可生化性很差，難降解物質多，毒性強，間歇排放，水量水質及污染物的種類波動大等特點，給治理帶來了極大的困難。

制藥廢水雖然因產品、原料、工藝方法的不同而水質各異，但總的來說，制藥廢水有機污染物含量高、毒性物質多、難生物降解物質多、含鹽量高，是一種危害很大的工業廢水，隨意排放會對環境造成極大危害，主要危害有：

1，制藥廢水中污染物之間或與水體中物質發生化學反應，產生新的污染。例如，亞硝胺類物質是一種強致癌物。而在制廢水中如果含有土霉素、哌嗪、嗎啉和氨基匹林等物質，在酸性介質中即可與NaNO?作用產生二甲基亞硝胺。

2，有機物在水體中進行生物氧化分解時，都會消耗水中的溶解氧。有機物含量過大就會使水體缺氧或脫氧，從而造成水中好氧水生物死亡，厭氧微生物大量繁殖，缺氧消化產生甲烷、硫化氫、醇、氨、胺等物質，進一步抑制水生生物，使水體發黑發臭。

3，某些藥劑及其合成的中間體往往具有一定的殺菌或抑菌作用，從而影響水體中細菌、藻類等微生物的新陳代謝，并最終破壞這一水體整個的生態系統平衡。例如當水中含青霉素、四環素和氯霉素時，可抑制綠藻的生長。